Instituto de Investigaciones Sociales (IIS)

Esta conformado por el Observatorio Demográfico Universitario (ODU), el Observatorio en Seguridad Alimentaria y Nutricional (OBSAN) y el Observatorio de Migraciones internacionales en Honduras (OMIH).
Instituto Universitario en Democracia, Paz y Seguridad (IUDPAS)

Esta conformado por el Observatorio Nacional de la Violencia (ONV), Observatorio Universitario Nacional de Transparencia y Anticorrupción en Honduras (OUNTAH), el Área de Paz y el Área de Democracia.